Arbetena på linjen Stockholm-Södertälje öppnades för allmän trafik år 1860. 1912 beslutade riksdagen att dra stambanan utanför Södertälje stad och en ny bangård kallad Södertälje Södra byggdes ovanför nuvarande Södertälje hamn. Det nya stationsområdet förbands med Södertälje C med ett förbindelsespår. Stationshuset vid Södertälje Södra byggdes 1915-18 och vid stationen byggdes sex bostadshus, smedja, verkstad och vattentorn. Ett lokomotivstall med plats för fyra lokomotiv byggdes i bangårdens södra ända. Stationerna elektrifierades 1926.